Der Unterschied zwischen den beiden besteht darin, wie sie vom Körper genutzt werden.
Folat wird im Verdauungstrakt in die aktive Form von Vitamin B9, genannt 5-Methyl-THF (5-MTHF), umgewandelt.
Folsäure muss ins Blut gelangen und zur Leber und anderen Geweben transportiert werden, um in 5-MTHF umgewandelt zu werden. Dies ist ein langsamer und ineffizienter Prozess, und der größte Teil des Folats wird nicht verstoffwechselt und zirkuliert frei im Körper.
Etwa 30–40 % der Bevölkerung können genetische MTHFR-Defekte haben, die die Umwandlung von Folsäure in aktives Folat beeinträchtigen.

Obwohl hohe Mengen an zirkulierendem Folat den meisten Menschen keinen Schaden zufügen, glauben einige Menschen, dass hohe Werte die Folsäure erhöhen könnenRisiko für Prostatakrebs.
Im Hinblick auf das Prostatakrebsrisiko scheinen Männer, die weiterhin 1000 Mikrogramm oder mehr Folsäure einnehmen, dem größten potenziellen Risiko ausgesetzt zu sein. Männer, die ausreichend Folat über die Nahrung zu sich nahmen, hatten dagegen ein geringeres Risiko.
Trotz dieser Mängel ist Folsäure billig und ungiftig und verursacht wahrscheinlich keine Nebenwirkungen, sofern sie nicht überdosiert wird.
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